PhD Student (d/w/m) Translationale Forschung im Bereich Solide Tumore

PhD Student (d/w/m) Translationale Forschung im Bereich Solide Tumore an der Charité – Universitätsmedizin Berlin

Aufgaben

• Translationale Promotionsarbeit mit bioinformatischem Schwerpunkt zur Identifikation räumlicher und molekularer Biomarker für die Stratifizierung von Metastasierungsrisiko und Überleben sowie für gezielte Therapieansätze
• Analyse und Integration multimodaler Einzelzell- und räumlicher Datensätze, einschließlich Single-Nucleus-Sequenzierung, Xenium-Spatial-Transcriptomics und Protein-Imaging, zur Charakterisierung von Tumor-Immun-Nichen
• Analyse räumlicher Ligand–Rezeptor-Interaktionen, Proximität und Nischen, um zu bestimmen, wie Tumorgenotypen und Tumorzustände mit spezifischen Immunzellsubtypen kolokalisieren und interagieren
• Analysen der differenziellen Zellzusammensetzung, von Signalwegen und räumlich variablen Genen über klinisch relevante Vergleiche
• Ableitung nachfolgender mechanistischer Validierung und Translation der Ergebnisse in valide Biomarker für Risikostratifizierung und gezielte Therapie, in enger Zusammenarbeit mit Klinikerinnen / Kliniker und Wet-Lab-Wissenschaftlerinnen / Wissenschaftler (einschließlich Kooperationen am MDC / BIMSB und an DKTK-Standorten)
• Anwendung eines breiten Methodenspektrums: Einzelzell- und räumliche Transkriptomik, RNA-Sequenzierung, Multiplex-Imaging, hochdimensionale Datenintegration sowie reproduzierbare und skalierbare bioinformatische Workflows

Sie werden als wissenschaftliche Mitarbeiterin / wissenschaftlicher Mitarbeiter beschäftigt: Nach §110 (4), Satz 3 sieht das BerlHG für wissenschaftliche Mitarbeitende eine angemessene Zeit innerhalb der Arbeitszeit für die eigene wissenschaftliche Weiterqualifikation vor

Anforderungen

• Masterabschluss (oder äquivalenter Abschluss), vorzugsweise in Bioinformatik, Computational Biology oder einer verwandten naturwissenschaftlichen Disziplin mit starkem Schwerpunkt auf Bioinformatik und/oder Datenanalyse
• Hohe Motivation, Fähigkeit zu selbstständiger wissenschaftlicher Arbeit, lösungsorientiertes Denken und ausgezeichnete Kommunikationsfähigkeiten
• Grundkenntnisse in statistischen Testverfahren sowie in Molekular- und Zellbiologie
• Sehr gute Englischkenntnisse in Wort und Schrift
• Erwünscht: praktische Erfahrung mit RNA-Sequenzierungs- oder Spatial-Transcriptomics-Daten, Hochleistungsrechnen (HPC) und dem Management großer Datenmengen

Eckdaten

Hämatologie und Onkologie
employmentType: Teilzeit
datePosted: 2026-10-29
validThrough: 2026-11-12T00:00:00

Bewerbungsfrist (laut Anzeige): 12.11.2026